Ternary Complex Formation
Eurofins Discovery의 Ternary Complex Formation Assay는 SPR, MST/Spectral Shift 및 ITC와 같은 다양한 biophysical technology를 이용하여 binary 및 ternary complex의 affinity와 ternary complex formation/stability를 정량적으로 분석합니다.
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PROTAC–Target–E3 Ligase Ternary Complex의 형성 및 안정성 평가
PROTAC과 같은 bifunctional degrader의 효율적인 target degradation을 위해서는 target protein(POI), degrader, E3 ligase 간의 안정적인 ternary complex 형성이 중요합니다.
Eurofins Discovery의 Ternary Complex Formation Assay는 SPR, MST/Spectral Shift 및 ITC와 같은 다양한 biophysical technology를 이용하여 binary 및 ternary complex의 affinity와 ternary complex formation/stability를 정량적으로 분석합니다. 단순히 PROTAC이 각각의 target protein과 E3 ligase에 결합하는지를 확인하는 것을 넘어, 세 분자가 함께 존재할 때 형성되는 ternary complex의 특성을 분석함으로써 PROTAC의 설계 및 최적화에 필요한 mechanistic insight를 제공합니다.
Key Parameters
Ternary Complex Formation Assay를 통해 다음과 같은 주요 parameter를 평가할 수 있습니다.
Binary & Ternary Complex Affinity (Kd)
Association / Dissociation Kinetics (Kon, Koff)
Ternary Complex Residence Time (t1/2)
Cooperativity Factor (α)
Hook Effect
Thermodynamic Parameters & Stoichiometry
특히 Cooperativity (α)는 ternary complex 형성 과정에서 POI와 E3 ligase의 상호작용이 서로에게 미치는 영향을 나타내는 중요한 parameter입니다. Positive cooperativity는 보다 안정적인 ternary complex 형성에 기여할 수 있으며, PROTAC의 degradation efficacy를 이해하고 최적화하는 데 중요한 정보를 제공합니다.
Application
Ternary Complex Formation & Stability
PROTAC이 POI와 E3 ligase 사이에서 실제 ternary complex를 형성하는지 확인하고 그 affinity와 stability를 정량합니다.
PROTAC Optimization
Binary affinity뿐 아니라 ternary affinity와 cooperativity를 비교하여 보다 효과적인 degrader의 설계 및 optimization을 지원합니다.
Selectivity Assessment
POI의 isoform 또는 variant에 따른 ternary complex formation 차이를 비교하여 degrader의 selectivity를 평가할 수 있습니다.
Hook Effect Assessment
PROTAC 농도 증가에 따라 productive ternary complex formation이 감소할 수 있는 Hook Effect를 확인하여 적절한 compound concentration과 degradation behavior를 이해할 수 있습니다.
이런 서비스 유형을 제공합니다
Available Technologies
Surface Plasmon Resonance (SPR)
Label-free 방식으로 binary 및 ternary complex의 형성을 real-time monitoring합니다.
Readout: Kd | Kon/Koff | Residence Time (t1/2) | Cooperativity (α)
Ternary complex의 affinity뿐 아니라 association 및 dissociation kinetics를 측정할 수 있어 complex formation mechanism과 stability를 상세하게 characterization할 수 있습니다.
MST & Spectral Shift
Solution-based assay를 통해 binary 및 ternary complex의 affinity와 cooperativity를 평가합니다.
Readout: Kd | Cooperativity (α) | Hook Effect
특히 고농도의 PROTAC에서 binary complex가 우세해지면서 productive ternary complex formation이 감소하는 Hook Effect를 평가할 수 있습니다. Hook Effect는 단백질 분해의 최대 효율 (Maximal degradation efficacy)을 보이는 최고 농도를 나타냅니다.
Isothermal Titration Calorimetry (ITC)
Ternary complex formation의 affinity와 cooperativity뿐 아니라 thermodynamic properties와 binding stoichiometry를 평가합니다.
Readout: Kd | Cooperativity (α) | Binding Enthalpy | Stoichiometry
Complex formation의 thermodynamic mechanism을 이해하고 안정적인 ternary system을 characterization하는 데 활용할 수 있습니다.
데이터 자료를 살펴보세요
Case Study | Ternary Complex 분석을 통한 PIM3 PROTAC 최적화
일부 PROTAC에서는 ternary complex가 형성되었음에도 α < 1의 negative cooperativity가 관찰된 반면, 최적화된 degrader에서는 α = 2.59–2.99의 positive cooperativity와 향상된 ternary complex affinity가 확인되었습니다.
또한 biophysical assay에서 관찰된 Hook Effect가 cellular degradation assay에서도 확인되어, ternary complex characterization이 단순한 complex formation 확인을 넘어 PROTAC의 구조 최적화와 degrader 선별을 위한 중요한 mechanistic information을 제공할 수 있음을 보여주었습니다.
서비스는 이런 절차로 진행됩니다
-
유선 및 방문상담
서비스상담
실험항목 및 조건 논의 -
최초 견적서 전달
계약
실험의뢰서(CSF) 작성
(필요시) 계약서 작성 -
실험 물질 전달
시료 준비
(택배 혹은 방문수령) -
매주 FedEx 발송
시료 발송
Tracking no. 안내
Report due date 안내 -
실험종료 안내
결과제공
최종 보고서 전달
결과 검토 및 상담
결제 진행
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